Universidad San Francisco de Quito cultiva éxitos: Obtuvo el primer genoma completo de una cepa de COVID-19 y proximamente presentará 6 genomas completos

"El momento del descubrimiento fue un alivio y una gran emoción, porque logramos descubrir la primera secuencia. Fue un gran sacrificio y un tiempo de trabajo muy intenso, pero lo logramos", cuenta Paúl Cárdenas, del Instituto de Microbiología de la USFQ. El pasado 26 de marzo, la Universidad San Francisco de Quito (USFQ) presentó uno de sus descubrimientos más grandes, el genoma completo de una cepa del virus SARS-CoV-2 que produce la enfermedad COVID-2019 en Ecuador. Cabe recalcar que el descubrimiento del genoma completo fue publicado en el mapa mundial que investiga este virus, GeneBank de GISAD.
Ecuador aparece en la página GISAID, con el estudio y descubrimiento realizado por la USFQ. La presentación del genoma completo es un gran aporte para Ecuador y el mundo.

Ecuador es el tercer país en Sudamérica en hacer un aporte de este nivel. Próximamente, la USFQ, presentará el genoma completo de 21 cepas más, de las cuales 6 serán publicadas en los próximos días. “Por la noche, culminamos la investigación de 6 genomas completos. En los próximos días llegarán 14 muestras más para continuarlas estudiando”, señaló Cárdenas, el pasado 4 de abril.

La investigación, de la cual se obtuvo el genoma completo, inició el pasado 3 de marzo, gracias a una muestra obtenida del paciente holandés que llegó al país contagiado con Covid-19. La muestra fue otorgada por el Ministerio de Salud Pública del Ecuador (MSP). “En la cepa logramos descubrir el país de origen de esta cepa. Queríamos saber si se había contagiado en el país o en Holanda y sí era una mutación. Pero descubrimos que la cepa es 99,66% parecida a la de Wuhan, China”, contó el investigador y portavoz del descubrimiento. “El paciente se contagió en Holanda, con una cepa desde China, mas no una cepa comunitaria. Determinamos que esta sepa es menos agresiva y menos contagiosa”, concluyó.

La cepa descubierta fue denominada hCoV-19/Ecuador/HEE_1/2020

Un proceso en conjunto

La iniciativa de este estudio nació en la USFQ con la colaboración del Instituto de Microbiología USFQ, en conjunto con el Centro de Bioinformática USFQ, el Laboratorio de Biotecnología Vegetal, la Unidad de Cuidados Intensivos del Hospital Eugenio Espejo, Quito y el Departamento de Zoología de la Universidad de Oxford. “Tuvimos que adaptar nuestros protocolos y trabajar al máximo posible. Investigar y conseguir esto en poco tiempo fue complicado”, afirmó Paúl Cárdenas a este medio. “Completar esto fue descubrir la huella digital del virus”, explicó.

Autores del estudio: Sully Márquez (1), Belén Prado-Vivar (1,2), Juan José Guadalupe (4), Bernardo Gutiérrez (4,6), Manuel Jibaja (5), Milton Tobar (5), Verónica Barragán (1), Patricio Rojas-Silva (1), Gabriel Trueba (1), Michelle Grunauer (3), Paúl Cárdenas (1,2)*

  1. Universidad San Francisco de Quito, COCIBA, Instituto de Microbiología
  2. Universidad San Francisco de Quito, Centro de Bioinformática
  3. Universidad San Francisco de Quito, COCSA
  4. Universidad San Francisco de Quito, COCIBA, Laboratorio de Biotecnología Vegetal
  5. Unidad de Cuidados Intensivos, Hospital Eugenio Espejo, Quito
  6. Departamento de Zoología, Universidad de Oxford
Imágenes obtenidas de nextstrain.org (repositorio de análisis del SARS-CoV2 :
Movimiento de cepas a nivel mundial (variantes del virus identificadas con diferentes colores).
El genoma del virus analizado esta en el grupo de los virus con menos mutaciones, originarios directamente desde China y que llegaron a Holanda directamente.

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